根据国家农业产业战略发展重大需求，充分发挥学校多学科综合优势，重点打造“更加国际化、更加地方化”的农业科技创新高地，学校成立了校直属研究机构—扬州大学农业科技发展研究院。研究院涵盖农学院、园艺与植物保护学院、动物科学与技术学院、兽医学院、生物科学与技术学院等多个学院的17个涉农学科，由焦新安教授任院长。
现拥有包括中国工程院院士在内的600余人规模的高水平创新人才队伍，形成了作物种质资源创新及利用、作物高效安全生产技术创新及应用、动物种质资源评价与创新利用、动物重要疫病和人兽共患病防控技术创新及应用、农业生态环境保护与农畜产品安全技术创新及应用等5个优势领域，创建了一系列重大科研成果，培养了一大批具有国际视野与“扬大”特质的优秀人才，为我国农业现代化建设做出了卓越贡献。
为我国作物叶龄模式、群体质量和精确定量栽培，小鹅瘟、禽流感和新城疫等疫苗，扬州鹅和京海黄鸡等技术与产品的发源地；与中科院等合作完成的水稻第四染色体精确测序、转基因体细胞克隆山羊等成果在国际上影响深远；先后在国际一流期刊上合作发表论文19篇。“十五”以来，在农业科技领域获得了包括9项国家科技进步奖在内的近300项省部级以上科技奖励。在农科等强势支撑下，学校被省政府表彰为“重大科技成果奖励成绩显著高校”，学校整体学科水平和植物与动物科学、农业科学、化学、工程学等4个学科的ESI排名进入全球大学和科研机构前1%。
研究院现拥有国家重点学科2个、国家重点（培育）学科1个，省优势学科4个，省重点序列学科1个；有部省级重点实验室和工程中心等创新平台33个，包括国家重点实验室培育点1个、部级重点实验室3个、省级重点实验室7个、部省级工程研究中心16个、省级协同创新中心1个、省级协同创新中心（培育）1个、省级公共技术服务中心4个；并建有国家技术转移示范机构、国家级科技特派员创业培训基地、中国-加拿大农业科学联合实验室等优质发展平台，获批教育部国家留学基金委员会“创新型人才国际合作培养项目”2项。与地方企业联建省级工程中心和重点实验室14个、共建研究院和创新中心56个、院士工作站3个、企业博士后工作站6个、企业研究生工作站68个。
以上述优势领域与平台为支撑的科技园、实验农牧场、扬大常熟现代农业发展研究院、扬大淮安现代农业产业研究院等一批科技创新载体应运而生、蓬勃发展。近年来，学校转让动植物新品种、新技术400多项，技术交易金额突破5亿元大关，其中刘秀梵院士的1项重大技术成果获转让金额5600万元；先后与省内外128个地方政府签署了科技合作协议，共建校企联盟336个、校外科技推广基地135个，取得社会经济效益300多亿元。
该研究院将坚定秉承创校人张謇先生“学必期于用，用必适于地”的教育思想，坚持推进人才培养、科学研究与社会服务的一体融合发展，致力于打造现代农业科技的鲜明特色与强大优势，努力创建成为国际协同创新与国家农业现代化建设战线上重要的科技研发高地与创新服务典型基地。
